A Associação Portuguesa de Ciência Política foi fundada em escritura constituinte a 25 de Setembro de 1998. Os primeiros corpos directivos ficaram assim constituídos.
A 9 e 10 de Dezembro de 1999, teve lugar na Fundação Calouste Gulbenkian, em Lisboa, o I Encontro Nacional de Ciência Política. A apresentação do Encontro esteve a cargo do então Presidente da Direcção, Professor Doutor Manuel Braga da Cruz, seguindo-se a conferência inaugural, proferida pelo Presidente da Assembleia Geral, Professor Doutor Adriano Moreira. Em seguida, o então Presidente da Assembleia da República, Dr. António Almeida Santos dirigiu uma saudação ao Encontro.